Hola!
Yo te recomendaría separarlas ahora que todavía están chiquitas y no se les habrá juntado demasiado las raíces. Si las dejaras juntas puede ocurrir que cuando crezcan, las raíces se entrelacen y después no se puedan separar, porque al hacerlo se correría el riesgo de matar a alguna de ellas o bien a las dos.
Y con más razón siendo dos árboles como son los limoneros. En primer lugar para realizar el trasplante busca una maceta adecuada. Asegúrate que la nueva sea más ancha y profunda, para que las raíces tengan suficiente espacio para crecer. Cuando vayas a trasplantarla hazlo a primera hora de la mañana para que la planta tenga tiempo de adaptarse.
Prepara la base con una capa de drenaje para que salga el exceso de agua, preferible que sea con piedras en el fondo y un agujero en el fondo de la maceta.
Cuando las trasplantes recuerda ponerles un buen sustrato para que cojan los nutrientes necesarios para crecer fuertes y sanas. Te dejo también en el siguiente link un artículo muy interesante sobre los
cuidados de las plantas en primavera. Lo recomiendo casi siempre a mis amigos, porque en él te aparecen los cuidados básicos que se deben aplicar a nuestras plantas en esta estación tan bonita del año.
Espero haberte ayudado. Un abrazo!